Cirkulující DNA a relaps bronchogenního karcinomu

Vyšetřování a monitorování hladin cirkulují­cí DNA (ctDNA) se stává důležitým nástrojem v klinickém managementu bronchogenního karcinomu. V závislosti na pokročilosti onemoc­nění a zvoleném léčebném postupu se mohou výrazně lišit i technologické přístupy, především co do jejich klinické použitelnosti, nákladovos­ti apod. Zatímco pro molekulární diagnostiku s využitím tekutých biopsií využívající ctDNA jako zdrojového materiálu je zásadní pokrytí co největšího spektra potenciálních DNA mutací (včetně genových fúzí a amplifikací), pro sle­dování efektu onkologické léčby je rozhodující jednoduchost a cenová dostupnost umožňující opakovaná vyšetření s rychlým dodáním výsled­ku. Posledně uvedený postup monitorování tzv. minimální reziduální nemoci (minimal residual disease, MRD) je založen na detekci a kvantifi­kaci nádorově specifické DNA mutace ve frag­mentech ctDNA extrahované z plazmy pacienta. V operabilních stadiích je tento přístup využíván pro rozhodnutí o adjuvantní léčbě, případně pro zpřesnění informace o radikalitě provedeného zákroku. V pokročilých stadiích je monitorování ctDNA využitelné pro odhad prognózy a trvání léčebné odpovědi, případně pro časný záchyt nastupující rezistence a opakované progrese onemocnění.

Komplexní techniky založené na ultra hlubo­kém sekvenování NGS jsou pro opakované tes­tování ctDNA nepraktické. Oproti nim existují již zavedené, nákladově efektivní metody pro analýzu ctDNA, typicky založené na kvantitativ­ní PCR nebo digitální PCR pro detekci specific­kých individuálních mutací v předem známých místech, tzv. DNA hotspotech. I když jsou tyto metody rutinně používány v predikci terapie plicních nádorů, jejich využití pro MRD je velmi omezené. Hlavním důvodem je fakt, že bodové mutace onkogenních prediktorů (EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA) se v naší populaci vyskytují jen u přibližně 25 % pacientů s karcinomem plic. Na­prostá většina je nalézána v tumor supresorech, především v genu TP53, a pro tyto řešení na bázi standardních qPCR kitů v současnosti neexistu­je. V prezentovaném projektu využíváme meto­du na bázi denaturační kapilární elektroforézy (DCE) pro detekci somatických mutací v tká­ňových resekátech pacientů podstupujících chirurgickou léčbu plicního karcinomu. Prová­díme mutační analýzu genů TP53, KRAS, EGFR a PIK3CA, na základě které jsme schopni nalézt mutaci až u 75 % pacientů a tuto následně sle­dovat v ctDNA extrahované z plazmy. Časová­ní náběrů je v době před operací a dále v cca 3měsíčních intervalech po operaci. V současné chvíli takto provádíme sledování u první skupi­ny 32 pacientů. Relaps onemocnění jsme dosud detekovali u 2 pacientů, v obou případech do 3 měsíců po operaci.